Die Ausbildungen am WePP finden auf der Grundlage der von Sigmund Freud begründeten Psychoanalyse und den umfassenden Weiterentwicklungen der psychoanalytischen Theorie, Krankheitslehre, dem entwicklungspsychologischem Bezugsrahmen und der Behandlungstechnik statt. In den Behandlungen geht es um die Aufarbeitung von unbewussten Entwicklungshemmungen und intrapsychischen Konflikten in der psychotherapeutischen bzw. psychoanalytischen Beziehung. Dabei geht es nicht ausschließlich um das Erlangen von Symptomfreiheit bzw. -linderung, sondern darüber hinaus um die Weiterentwicklung der persönlichen und sozialen Identität, die eine innerpsychische Entwicklung mit einschließt oder gar voraussetzt.
Die psychoanalytischen Konzepte von Unbewusstem, Widerstand, Übertragung und Gegenübertragung werden auch in der tiefenpsychologisch-fundierten Therapie als ein aus den Grundannahmen der Psychoanalyse entwickeltes psychodynamisches Psychotherapieverfahren beachtet. Sie bilden jedoch nicht den Schwerpunkt der therapeutischen Arbeit, die deutlich zielorientierter gestaltet ist. Luborskys Zentrales Beziehungs-Konflikt-Thema (ZBKT) kann hier als ein Bezugspunkt genannt werden, aus dem die vom Patient/innen geschilderten Beziehungsepisoden entnommen und fokussiert innerhalb der psychotherapeutischen Beziehung aufgearbeitet werden können.
Als Psychotherapeut/in oder Psychoanalytiker/in bedarf es eines hohen Maßes an persönlicher und fachlicher Kompetenz. Theorie und Praxis sollen auch Ausdruck Ihrer Persönlichkeit werden. Dies wird in den Theorieseminaren und den Supervisionen gefördert. Ein wesentlicher Bestandteil der Ausbildung ist die Erfahrung dieser Methoden an sich selbst, die Selbsterfahrung in Form der Lehranalyse oder Lehrtherapie. Die praxisnahe Ausbildung und der kontinuierliche Lernprozess in Kleingruppen (Theorie–Praxis-Gruppen) werden durch die Anleitung durch erfahrene Supervisor/innen und profilierte Dozent/innen, die als Expert/innen auf den von ihnen vertretenen Teilgebieten der Psychotherapie gelten, ergänzt.
Die enge Kooperation mit der Universitätsmedizin und der Klinik und Poliklinik für Psychosomatische Medizin und Psychotherapie bietet einzigartige Möglichkeiten, fundierte Kenntnisse in der Behandlung von Patienten mit somatischen Erkrankungen (z.B. Psychoonkologie, Psychokardiologie) zu erwerben.